1965年的印尼军政府之所以大肆屠华，导火索是当时军方与苏加诺总统、以及印尼共产党的政治摊牌——即印尼史上著名的“930”政变。在这场政治搏杀中，以苏哈托少将为代表的军方大获全胜，苏加诺总统从此沦为傀儡，而作为苏加诺盟友的印共，则被军方强力清缴，包括党领袖艾地在内的三十万党员被杀，党组织被摧毁，印共从此走向败亡。
而在大肆屠杀印共的同时，苏哈托也对在印华人举起了屠刀。据后世估算，大约有二十万印华也惨遭杀害，酿成了南洋华人史上空前的悲剧。
苏哈托为什么会大肆屠杀印华？有一种观点，认为是苏哈托宣布中国直接支持印共在1965年针对军方发动的政变。在军政府清除中国影响的过程中，印华惨遭池鱼之殃。
但这种观点其实是站不住脚的。
首先，虽然基于国际共运的大背景，中国在五六十年代，确实对苏加诺政府和印共提供了大量支持，但要说中国支持印共发动930政变，这未免言过其实。
而且，就算当年的中国，与印共和苏加诺政府有密切关系，但这并不代表印华就站在中国政府一边。
之所以如此，是基于以下几方面原因：
首先，中国对印尼的影响力，主要构建在共产主义这个意识形态的基础上，而并非民族和血缘。所以当时与中国亲密的，主要是印共这个以底层印尼土著为主要拥趸的无产阶级政党，以及苏加诺政府。虽然印尼华人也有一些参加了印共，甚至苏加诺政府，但这种加入也是基于自身政治信仰或者阶级属性，并不代表印华这个族群与印共、苏加诺形成合作。
基于这种逻辑，虽然不乏印华个体加入印共乃至苏加诺政府，但作为一个族群，尤其是这个族群中占据大量社会资源的主流势力，绝不可能成为当时的中国政府，以及苏加诺、印共的拥趸。所以，苏哈托所谓印华与印共政变有瓜葛的说法，仅仅是一种借口罢了。他之所以如此，完全是基于自身利益考量。
印尼由13000个岛屿组成，国家地缘结构天然松散；加上印尼土著开化较晚，缺乏对国家和民族的认同感和向心力，因此建国初期的印尼，存在严重的分裂风险。在这种情况下，印尼只有在政治体制上高度中央集权，甚至采取独裁这种极端做法，来强化中央政府的权威，以压制国内的分离主义倾向。
但是，任何集权想要实现，都有一个前提——即中央掌权势力，必须在国家资源的掌控方面拥有绝对优势，这样才有足够的实力压制地方，确保国家的统一。
而所谓的国家资源，最直观的当然是军队，但除了军队，还有一个资源必不可少——那就是财富，更直白点说，就是钱。只有中央有钱，地方才有效忠中央的原始驱动力；只有中央有钱，才能供养政府军，保持对地方势力的强力威慑。
但是，印尼的地缘结构四分五裂，而且由于经济落后，又没有土改，所以长期以来，大量的社会资源都握在分布各地的土著地主之手，这不仅影响到了印尼的工业化转型，也限制了中央政府对国家资源的掌控，进而对印尼国家的稳定性构成威胁。
面对这种困局，苏加诺政府的手段是扶植印共，借印共之手，一方面可以打土豪分田地，削弱这些传统地主的势力，剥夺它们的资源；另一方面，则可以从苏中这两个外部势力手中获取援助（这个是直接给苏加诺中央政府的），增强中央政府的实力。
可现在，苏哈托为首的军方软禁了苏加诺，剿灭了印共，这样一来，土改搞不成了，苏中的援助没有了。这种情况下，苏哈托就得面对一个问题：它拿什么来支撑自己的集权甚至独裁？
当然，苏哈托有军队，但军队也要用钱养。如果强行用军队去夺土著地主的利益，那首先必然会引发全国内战；其次，这本身就是自毁长城——毕竟很多军官本身就出自地主阶级，而且地主阶级也是支持苏哈托上位的一大势力。
所以，苏哈托不能用武力强行解决问题。在这种情况下，它就必须另寻财源——而这个目标，就是华人。
华人在印度是少数族群，而且一直保持自己的民族特征，没有融入印度主流社会。这种少数派身份，决定了华人在政治上是没有地位的。只不过，华人大部分靠工商业维生，积攒了大量财富。有钱无势，苏哈托不拿他们开刀，又还会找谁？
这就能解释苏哈托为什么屠华了。通过屠华，一方面可以将财富据为己有，这往私了说，苏哈托自己可以大发其财；而往公了讲，可以让军政府在短期内积累大量社会资源，这笔钱不仅可以用来供养军队，还可以用来收买底层民众，换回因绞杀印共，而丧失掉的民心。
此外，屠华还有一个作用，就是确立苏哈托军政府的政治合法性。印尼贫富差距极大，大量土著底层对富有的华人工商业者有着天然的仇富情绪，而这种仇富情绪，又因为印华与印尼土著的族群和宗教差异，而带上了明显的种族对立色彩。通过屠华，不仅可以捞钱，还可以煽动印尼的民族主义情结，这样一来，印尼社会一直十分严重的阶级矛盾，就可以在相当程度上被淡化掉。
基于上述考虑，苏哈托在绞杀印共后，顺带着对印华举起了屠刀。二十万印华沦为刀下之鬼，而他们多年积累的财富，也就进了军政府和国库，和苏哈托们的腰包。
只不过，在65屠华结束后，印华与苏哈托军政府的关系，又出现了一个奇迹般的转折——两方居然重归于好！
这是为什么？其实这还是双方共同利益决定的。
就苏哈托而言，在通过大屠杀捞够了钱和政治资本后，他依然要面临一系列问题：接下来印尼该怎么走？自己的独裁将如何长久维持？
首先，苏哈托的军政府需要钱来维持。虽然屠华可以捞一大笔，但这只是一次性的买卖，用不了多久就会坐吃山空。所以工商业依然要发展，印尼的工业化也必须启动。
当然，苏哈托们也可以把这些活儿全交给社会，自己只管照章收税就行。但如此一来，首先自己攫取私利的空间就会大幅缩窄；其次，在此过程中，那些土著地主必然会凭着自己的先天优势，在社会转型过程中发展壮大。而这些土著地主，具有极强的独立性，如果任由它们在此过程中发展壮大，迟早会尾大不掉，形成独立于中央之外的强大本土势力，进而对中央政府的权威，乃至苏哈托的独裁统治构成威胁。
在这种情况下，印华就成为军政府的最好选择：印华有多年的工商业经验，非常适合从事现代经济；印华是边缘少数族群，没有政治地位，在印尼又深受土著主体的排斥，这就决定了，他们无法形成自己的势力，甚至，哪怕是要维持生存，都必须极度依赖苏哈托军政府的保护。一旦军政府放手，他们随时会被印尼土著给消灭掉。
由于印华没有政治势力，只能依赖军政府才能生存，所以苏哈托们就可以在大发横财的同时，增加中央政府对社会资源的掌控力度，这样既增加了中央政府的权威，又可以推动社会经济的发展。相反，印尼的土著地主，由于在经济变革过程中被印华竞争，其经济上的生存空间自然缩窄，实力相对削弱，最终会走向没落，进而作为一个阶层被自然消解掉。
这就是苏哈托的如意算盘。而就印华而言，他们的边缘少数族群地位，以及印尼土著民众对他们的排斥，决定了他们必须有一个强势靠山才能存活。所以，即便苏哈托当年的屠华之举十分可恶，但在苏哈托放下屠刀、抛出橄榄枝后，印华出于自身利益考量，也只能选择依附于军政府，成为它们的附庸。
这就形成了印华现代史上畸形的“主公制度”——苏哈托一方面将华人的政治文化权利剥夺殆尽，另一方面却又在经济上放宽了对华人的限制，简单的说，就是华人企业家提供资金和技术，印尼裔的军政官员提供经营许可证和政治保护。
在以苏哈托为首的印尼“主公”的庇护下，印华在经济上重整旗鼓，趁着印尼现代化的东风，又攒下了巨额的财富。
但是，这种机制，也潜藏着巨大的风险。印华的存在，完全依赖于苏哈托的保护。这种上层路线，更进一步激化了印尼土著民众对印华的不满。所以几十年后，灾难再次降临。
1997年，亚洲金融危机爆发，印尼作为重灾区，经济惨遭重创。而经济的崩溃，又引发了严重的政治和社会危机，在民众的反对下，苏哈托被迫结束独裁统治，黯然下台，执政的专业集团党也土崩瓦解。
随着苏哈托的垮台，印华这个有钱，却被印尼主流社会所厌恶，还充当了苏哈托帮凶的群体，自然而然的成为印尼民众的发泄目标。而苏哈托下台后，印华最大的保护着不复存在。
当然，苏哈托军政府虽然倒了，但是印尼军方依然有较强实力——他们以前也受过印华的好处。可是，民众的怒火实在太过骇人，以至于军方也难以招架。为求自保，它们不仅不愿再继续为印华这个寄生群体提供庇护，反而有意将他们抛出来，作为自己的替罪羊。这种情况下，印华再次沦为种族屠杀的对象。