当地时间4月25日，印度尼西亚军方召开新闻发布会，印尼国民军总司令哈迪和印尼海军参谋长马尔戈诺共同对外宣布，此前在巴厘岛附近海域失踪的“南伽拉”号潜艇已经沉没，艇上搭载的53名艇员无一生还。马尔戈诺表示，参与此次搜救任务的水下机器人已经找到潜艇的残骸，根据其传回的画面，潜艇处于800多米的深海之中，已经断裂为三部分。印尼军方表示，未来将予以打捞。
值得注意的是，此次遇难的53名艇员当中，还有一名艇员是印尼国防部长苏比安托的亲属。根据苏比安托的社交信息，名为赖沙的艇员是普拉博沃堂兄戈弗里德-西加尔上校的儿子，艇员的父亲已经于1998年去世。苏比安托对侄子的离世非常痛心。据悉，印尼军方已经决定此次潜艇沉没事故中遇难的艇员全部晋升，遇难者家属将得到一笔抚恤金，印尼全军为此哀悼。
至于此次潜艇沉没的具体原因，印尼军方表示将成立专门的调查机构，对此展开详细的调查。目前外界舆论认为潜艇沉没的原因可能有两种，一是内部机械故障导致的。公开资料显示，沉没的“南伽拉”号潜艇已经在印尼海军中服役40多年，虽然后来在韩国接受了现代化的升级，但是当时升级主要集中在内部的航电设备方面。艇身材料、机构以及动力系统并没有得到较好的保养，所以出现机械故障还是有可能的。
另一种可能是潜艇在下潜的过程中，撞击到了海底断崖，而这种可能也是最高的。巴厘岛附近海域是太平洋和印度洋板块的交界处，海底地形十分复杂，发生撞击事故的可能性还是比较高的。1963年4月10日，美国海军的”长尾鲨”号核潜艇在大西洋威尔金松海沟进行深潜测试时，就因为与海底断层发生撞击，导致沉没，艇上129名艇员全部遇难。类似的事故还有多起，大洋深处并不安全。
除上述两种可能之外，外界还有潜艇维护不到位、操作不当、潜艇超载等各种引发此次事故的猜测传出。不过印尼军方在当天的新闻发布上，对以上猜测进行了回应，表示潜艇在训练中已经沉没之前，状态良好，潜艇荷载57人，实载53人，所以也没有任何的违规操作。印尼军方表示，具体的事故原因以调查结果为准。
如今潜艇已经沉没，鲜活的生命也不再可能回来，世界其他国家的海军要从此次事故中汲取教训，提升潜艇的操作水平，同时也要对潜艇进行技术升级，让其在发生事故之后，有更多的自救手段。