4月25日，印度尼西亚军队已经正式确认，在4月21日失联的印尼海军“南伽拉”号潜艇已经沉没，艇上53名官兵全部死亡，这53名船员中还包括印尼海军潜艇部队指挥官塞蒂亚万少将。
印尼国民军总司令哈迪在25日的新闻发布会上表示：印尼的搜救部队发现了水面漂浮的油花，新加坡支援的潜艇救援器的水下摄像机已经发现失事海域的850米深度的海底散落的潜艇零件，搜救人员已经收到了来自海底的画面，画面中出现了“南咖拉”号潜艇的部分残骸，包括后垂直舵、锚等部件。指挥塔围壳被压扁，扭曲得不成样子。
“南咖拉”号潜艇已经断裂成3部分，其中有一部分已经断裂到了850米的海沟，而这已经大大超过了该潜艇250米的最大作战深度。印尼军方称海底巨大水压的挤压作用下撕裂了艇体的耐压壳，导致一些艇体内部的残骸从缝隙中浮出水面。目前已经找到的属于“南咖拉”号潜艇的物体，包括潜艇鱼雷系统的一部分、用于润滑潜艇潜望镜的润滑油，以及祈祷垫。甚至还有一套打开了包装的潜艇救生衣，这说明艇员试图自救，但没有穿上救生衣，潜艇就发生了破裂。
印尼海军在早年期间曾拥有12艘苏联建造的W级潜艇，但很快就报废退役了。后来在70年代从德国引进了2艘209型潜艇。“南伽拉”号潜艇是德国209型常规潜艇系列的1300型潜艇，满载排水量约为1395吨，标准载员34人，装备8具533毫米鱼雷发射管。“南伽拉”号潜艇是印尼向德国订购的209型潜艇的二号舰，由德国于1978年开始建造，1981年交付印尼海军。是印尼军队拥有的5艘潜艇之一。
2011年印尼与韩国大宇造船签署了第一批三艘209/1400型常规潜艇（韩国命名为“张保皋”级）合同，其中2艘在韩国制造，1艘在印度尼西亚组装，目前这三艘潜艇已经入役，但还没有形成战斗力。所以此次2024年4月印尼又与韩国签订了第二批三艘209/1400型潜艇的合同，根据建造计划印尼将在2024年拥有8艘209型潜艇。
“南伽拉”号潜艇是4月21日在印尼巴厘岛以北海域进行鱼雷发射训练时失联的。该艇在2016年曾在韩国大宇造船进行过中修和改装，尽管舰龄高达40年，但经过多次维修，技术状态还是不错的。因此，此次失事不太可能是潜艇老化引起的。
此外，一开始有分析该潜艇可能是鱼雷发射时失败爆炸，导致潜艇沉没的。但潜艇训练时的周围水面舰艇声呐也没有听到水下的爆炸声，救援的深潜器拍摄的画面显示潜艇并没有遭到爆炸破坏，这说明，潜艇沉没不是鱼雷发射失败引发殉爆导致的。
有分析认为，“南伽拉”号潜艇沉没的原因，很可能是遇到了水下“断崖”，遭遇了极危险的“掉深”。由于海水密度不同，有密度分层，在某些海域会存在差异极大的密度断层，如果潜艇不慎驶入，就会剧烈掉深，像在陆地上行驶的车辆从山崖上“掉”下来一样，速度极快且不受控制地往下“掉”。遭遇海水密度突变造成的“断崖”，失去浮力的潜艇会急速掉向深海海底。艇上的救生设备甚至来不及反应。
这艘柴电潜艇的最大下潜深度为250米，一旦超过这一深度则可能致命。沉到850米的深度，潜艇耐压壳会被压破，造成潜艇解体，船员生还的可能性几乎没有。
“掉深”是潜艇水下航行最危险的状况之一，“掉深”到潜艇的极限深度便会艇毁人亡。2013年中国海军的俄制基洛级372号潜艇就遇到了”断崖”，潜艇以45度的倾角沉向海底，但我潜艇官兵素质过硬，反应迅速，挽救了潜艇，创造了世界潜艇历史上遭遇海中“断崖”自救成功的奇迹。