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1965年大屠杀，肇始于印尼共与印尼陆军之间由来已久的矛盾。总统苏加诺为了搞“有领导的民主”（简单说来就是推崇个人威权，摒弃议会民主），一手借助陆军的支持，一手又扶植印尼共来牵制陆军。1951年，印尼共只有不到1万名党员；到1963年，党员人数超过了200万；到1965年，超过了300万，成为印尼国内人数最多的党，也成为仅次于苏共和中共的世界第三大共产党。
印尼共主席艾地(左二)在“九卅事件”前夕检阅印尼共女志愿军
没有苏加诺的扶植，是做不到的。同期，印尼陆军也在镇压国内叛乱的过程中一路坐大，且与苏加诺关系日趋恶劣。苏加诺左倾，与苏、中交往颇多；陆军右倾，与美国中情局往来密切。苏加诺怀疑陆军不忠于自己，想要往陆军内部安插政治委员；陆军也高度戒备苏加诺，极力反对他和印尼共提出的建立“第五军种”（武装化的民兵组织）的计划。
这种矛盾到1965年，因苏加诺病情恶化，已呈一触即发之势。美国中情局该年1月26日的一份机密备忘录分析称：“苏加诺的维也纳医生认为，如果不尽快为他进行手术取出肾结石的话，他一两年内就会去世——可能很快就会暴毙。即使他做了手术，他的寿命和身体机能也非常具有不确定性。……（这使得）印尼共产党及其对立派别之间的政治争夺已经白热化。”1965年8月3日，苏加诺突然病倒，紧急召回了正在中国访问的印尼共领袖艾地。与艾地同机返回的中国医生对苏加诺的病情非常悲观。8月中旬，印尼共举行政治局会议，通报和讨论了苏加诺的病情，艾地在会上表态：是我们首先扑过去呢，还是等着让别人扑过来？我更倾向于先下手。
1965年9月30日深夜，在印尼共的策划下，印尼总统卫队营长翁东中校等人发动政变，6名陆军高级将领人头落地，此即“九卅事件”。随之陆军将领苏哈托发动反扑，翁东等人溃败，苏加诺成为傀儡，包括印尼共领袖艾地在内的数十万人被清洗；被误杀者不计其数。